Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου Κοφινά Σίφι επανιδρύθηκε το 2009 από τον Στέλιο Μανάρα, ο οποίος ως πρώην παίκτης της ομάδας, ανέλαβε την αναγέννησή της όταν αριθμούσε λιγότερα από 8 παιδιά. Υπό την καθοδήγησή του, η ακαδημία αναπτύχθηκε ραγδαία, φτάνοντας τα 20 παιδιά αρχικά και σύντομα συμμετέχοντας ξανά σε πρωταθλήματα υποδομών. Ο Στέλιος Μανάρας, κάτοχος UEFA C με Παιδαγωγική κατάρτιση, οδήγησε την ομάδα σε 9 τελικούς στα επόμενα 11 χρόνια. Το 2013 ανέλαβε προσωρινά την αντρική ομάδα, φέρνοντάς την κοντά στην άνοδο, προτού επιστρέψει αποκλειστικά στις υποδομές. Η ακαδημία έχει αναδείξει πολλούς παίκτες που έχουν στελεχώσει μεικτές ομάδες, έχουν δοκιμαστεί εκτός Χίου και έχουν μεταγραφεί σε μεγάλες ομάδες του νησιού. Το 2022, τα τμήματα Κ12 και Κ14 κατέλαβαν την 3η και 1η θέση αντίστοιχα στο 1ο Περιφερειακό τουρνουά Καλλονής. Το 2023, η ομάδα στέφθηκε πρωταθλητής Χίου στην Κ14 και κατέλαβε την 2η θέση στο Περιφερειακό Τουρνουά Χίου-Λέσβου-Λήμνου, καθώς και την 2η θέση στην Κ12 στο πρωτάθλημα της Χίου. Η ακαδημία προσφέρει προγράμματα προπονήσεων και συμμετέχει σε αγώνες για διάφορες ηλικιακές κατηγορίες, συμπεριλαμβανομένων των Κ8, Κ10, Κ12, Κ14, και Κ16.