Οι σχολές ποδοσφαίρου του Ατρόμητου έχουν ως κύριους στόχους τη σωστή αθλητική και κοινωνική εκπαίδευση, καθώς και την ψυχαγωγία των νεαρών αθλητών. Επιδιώκουν την εκπαίδευση των στελεχών των Σχολών στα πρότυπα λειτουργίας της Ακαδημίας του Ατρομήτου, την ενημέρωση και υποστήριξη των γονέων, και την οργάνωση άρτιων σχολών ποδοσφαίρου που θα οδηγήσει στην ουσιαστική και ποιοτική αναβάθμιση του τρόπου εκπαίδευσης. Για τα μικρά παιδιά, το ποδόσφαιρο είναι πηγή διασκέδασης και τους εφοδιάζει με πολύτιμες αρετές. Η Ακαδημία και το Δίκτυο Σχολών λειτουργούν με ενιαίο όραμα και φιλοσοφία, εφαρμόζοντας κοινό σύστημα εκπαίδευσης, προπόνησης, παρακολούθησης και αξιολόγησης, με στόχο την ανίχνευση και αξιοποίηση ταλαντούχων ποδοσφαιριστών σε όλη την Ελλάδα. Οι δραστηριότητες περιλαμβάνουν αξιολογήσεις ποδοσφαιριστών, εργομετρικές μετρήσεις, εξειδικευμένα σεμινάρια προπονητικής, επιστημονικές ημερίδες για προπονητές και γονείς (παιδοψυχολογία, αθλητική διατροφή), ποδοσφαιρικά τουρνουά, αθλητικά Camps, καθώς και κοινωνικές, φιλανθρωπικές και πολιτιστικές δράσεις. Η ένταξη στην Ακαδημία βασίζεται σε μεθοδικό σύστημα ανίχνευσης και αξιολόγησης, λαμβάνοντας υπόψη τόσο το ποδοσφαιρικό ταλέντο όσο και τον χαρακτήρα του παιδιού. Πρωταρχικός σκοπός είναι η αγάπη για το ποδόσφαιρο και η διαμόρφωση του χαρακτήρα των παιδιών.